Relieve
Su relieve se corresponde con la serie de llanuras escalonadas en disposición horizontal, de elevada altitud media (entre 700 y 800 metros) y de suaves pendientes que definen el relieve más característico y conocido de la región castellano-leonesa.
Características físicas
Morfológicamente se trata de una gran cuenca, formada al hundirse el zócalo paleozoico (pizarras, granitos ..) con los movimientos alpinos en la era terciaria, rellenada a lo largo del terciario y cuaternario con sedimentos básicamente miocenos (conglomerados, areniscas, arcillas ...), que como no han sido afectados por orogénesis posteriores presentan una estratificación horizontal, en la que sobresalen algunos "altos", "cerros" o "motas", que en el término se localizan en la parte occidental: en el Noroeste la Cuesta del Moro o el Barro de Santa Catalina que alcanzan los 815 metros; por el Suroeste los parajes de El Castaño con 822 metros, Las Piedras con 825 metros o El Canto Rodado con 833 metros que presentan las mayores altitudes del término.
La altitud del pueblo es de 780 metros. Entre esta altitud y los 800 metros se encuentra la mayor parte del término municipal oriental.
Clima
Teniendo en cuenta los datos climáticos de la provincia, podemos afirmar que el prolongado y frío invierno y la aridez estival aparecen, como en el resto de la región castellano-leonesa, como los datos básicos de su clima:
- Los inviernos son fríos y prolongados como resultado mutuo de la configuración del relieve (altitud y aparición periférica de montañas) y de la dinámica atmosférica. Las montañas que circundan la región detienen los flujos zonales del oeste, decreciendo la cantidad de lluvia, al mismo tiempo que se refuerzan las bajas temperaturas y la permanencia de las heladas por efecto de la altitud y de la posición interior. Estos rasgos se ven agravados por las situaciones anticiclónicas, acompañadas de masas de aire frío y seco de procedendia septentrional y continental,que hacen descender el termómetro hasta los 15 grados bajo cero o más, lo cual no favorece el crecimiento de la vid ni del olivo, lo que convierte al término de Villaflores en exclusivamente cerealista en sus tierras de secano. Esto no impide que sea durante la estación invernal o en las cortas estaciones de otoño y primavera cuando los pluviómetros registran el mayor volumen de precipitaciones, a pesar de su irregular caida.
- El verano se reduce a un período corto que no suele rebasar los 3 meses. Debido a la altitud, las temperaturas no suelen ser elevadas. La ausencia de precipitaciones estivales, debido a la presencia del anticiclón de las Azores, es el rasgo climático más determinante.
Hidrografía
La densidad de drenaje es débil y la infiltración y la evapotranspiración, se ven favorecidas por una escorrentía superficial lenta, organizada por los ríos Poveda al Noroeste y Mazores al Este, afluentes del río Guareña, a su vez este, afluente del río Duero.
Dos hechos se pueden mencionar de esta red micrográfica insuficientemente jerarquizada, por un lado, las amplias y casi indefinidas interfluvias, de pendiente débil, que acogen lavajos ( Lavajo Montero en el Pozuelo, el Lavajo de los Tres Árboles, La Presa) que cobran significado cuando llegan las lluvias y se encharcan. Por otro lado, las escasas y estrechas franjas aluviales, con niveles freáticos más superficiales, introducen un cambio lineal en el paisaje y en los aprovechamientos, con sus alamedas ( Mazores, Río de Cantalapiedra, Río de Palacios), o con sus riegos, ayer con noria y hoy con modernos sistemas de aspersión.
Como consecuencia de los procesos de infiltración, los recursos hídricos subterráneos han permitido a los agricultores acceder al usufructo del agua, y a la expansión de los regadíos, aunque la inadecuada densidad de los sondeos ha conducido en algunas zonas a la sobreexplotación, planteando problemas de recargue.
Cubierta Vegetal
Debido a las condiciones climáticas, la vegetación de la zona debería ser el bosque mediterráneo de hoja perenne y esclerófilo, es decir, la encina como vegetación dinámica o el pinar como ejemplo de sustitución o repoblación, pero las sucesivas roturaciones a lo largo de la historia han llevado al dominio del espacio labrado. La vegetación se reduce a dos manchas de pinares a ambos lados de la carretera que va hacia la Estación de Cantalpino y los prados desde la finca de Mazores, bordean el río del mismo nombre, junto con algunas alamedas.